Os ninjas em suas missões usam algumas armas para fazer a missão mais fácil. Alguns são:
Kibaku Fuuda(Papel Bomba): Um pedaço de papel com escritas em kanji que se traduz por "explosão". Quando aplicado no alvo, o papel começa a queimar e, quando queimado por completo, causa uma explosão. Quem usa: vários.
Kemuridama (Bomba de Fumaça): Essas bombas, ao explodirem, liberam uma grande quantidade de fumaça roxa, confundindo o inimigo. Muito usadas em fugas. Quem usa: Vários
Kunai: Uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma faca, ultilizada tanto para ataque, como para defesa. Pode ser usada também como ferramenta, como por exemplo, escalar montanhas. São pequenas e tem apenas uma ponta, saindo em linha reta quando atiradas. Quem usa: Vários
Makibishi: São pequenas esferas com pontas que são tacadas no chão. São usadas como armadilha para ferir quem as pisa. As makabishi são muito comuns na série "Naruttimate Hero" para ps2. Quem usa: Vários
Shuriken: Também é uma arma muito comum entre os ninjas, semelhante a uma estrela. São muito usadas como distração, pois o reflexo das luzes no metal confundia o inimigo, e em ataques a distância. Quem usa: Vários
Senbon (agulha): Agulhas afiadas grandes que podem ser atiradas a um oponente, porém, com poucas chances de matar, a não ser que atinja um orgão vital. Quem usa: Haku, Tsunade, Shizune, outros...
Fuuma Shuriken: Um shuriken em tamanho maior e muito mais forte. Quando não está em uso, ela fica fechada em apenas uma peça, em uso, poderá ser aberta, apresentando, assim 4 peças. Quem usa: Sasuke, entre outros...
Kunai Invertida: (Kunai Curvada) Parecida com uma kunai, mas essa é mais larga e é curvada na ponta. Este tipo de lâmina é bom para cortar o alvo. Ótima arma para os ninjas médicos que têm que fazer uma operação rápida no campo de batalha. Quem usa: Kabuto.
Aian Nakkuru: Ótima arma para se lutar taijutsu. Pode usá-la com ataques rápidos e para perfurar seus oponentes. Pode adicionar o chakra à lâmina para aumentar o poder e alcance do corte. Quem usa: Sarutobi Asuma.
Kubikiri Houcho: Se assemelha à um facão. É uma grande e poderosa espada usada por Zabuza. Apesar de ser poderosa, faz com que a velocidade de seu usuário reduza bastante devido à seu grande peso. Quem usa: Zabuza e Suigetsu
Samehada: É a espada de Hoshigaki Kisame. A textura dessa grande espada se assemelha com á pele de um tubarão. A Samehada é capaz de absorver grande quantidade de chakra. Só pode ser usada por Hoshigaki Kisame, na manga Suigetsu, tenta recolher todas as espadas dos ninjas da aldeia do nevoeiro de onde kisame é originário. Quem usa: Kisame
Pergaminhos: São utilizados para vários propósitos, como invocações, jutsus médicos, jutsus em geral, aprisionamentos, etc... Os pergaminhos são muito úteis, pois economizam muito espaço. Quem usa:Kankuro, Chiyo e Sasori entre outros.
Marionetes: Primeiramente no anime/mangá usadas por Kankurou, as marionetes são controladas por seus donos através de fios de chakra pelas pontas dos dedos, presos a várias partes do corpo do boneco. Com o passar do tempo, foi revelado que mais personagens utilizavam as marionetes, como Sasori e Chiyo. Quem usa: Kankurou, Sasori, Chiyo entre outros.